泽普县位于昆仑山北麓、塔里木盆地西缘,叶尔羌河冲积扇的中上部。北隔叶尔羌河与莎车县相连;东和东南与叶城县为邻。 地势由西南向东北平缓倾斜,西南部为叶尔羌河冲积扇,东北部为叶尔羌河冲积平原。叶尔羌河、提孜那甫河流经全境。属暖温带大陆性干旱气候。