祗园寺整个建筑采用非对称式结构，是我国古典寺庙建筑少有的构造。
祗园寺，以其建筑结构曲折婉转而著称。步入寺门是灵官殿，过一小庭院，一方形重檐殿堂是天王殿，从殿后小院上石阶十余步。便到大雄宝殿。大雄宝殿殿内宝气凝聚，煜然炫灿。高约30米，莲花台上端坐着三尊十多米高的敷金大佛，两侧是十八罗汉，神态各异。三尊大佛背面，矗立着门米高的“海岛”佛像群，有一组彩塑的佛像故事，有“观音斗鳌鱼”等，造型生动。从大殿对面的回廊前进，有法堂、斋堂、方丈寮、衣钵寮、大寮、小寮，楼下有禅堂、新戒堂等殿堂。寺内有铜质大锅一口，名“千僧锅”。1933年开办“五百罗汉期”的授戒法会，就用它煮饭，供应千人的斋饭，由此可见祗园寺规模之大。殿后为僧人起居的各种家房和附属建筑。九华山佛教协会就设在这里。该寺建筑面积5157平方米，殿宇层层叠叠，回旋曲折，结构精巧，气势磅礴。佛像和千僧灶等文物保存完好。
